مرکز امور ایرانیان خارج از کشور، در تابستان 1370 تحت عنوان " امور متخصصان "، ابتدا در دفتر نمایندگی جمهوری اسلامی ایران در سازمان ملل متحد (نیویورک) تشکیل و مرجع ارتباط با ایرانیان خارج از کشور قرار گرفت. پس از آن، امور متخصصان از مرداد ماه 1373 تا اواخر سال 1375 زیر نظر شورای مشاوران وزیر امورخارجه و از سال 1376 لغایت 1380 تحت نظر معاونت آموزش و پژوهش وزارت متبوع فعالیت می کرد .
مقامات عالیه نظام و وزارت امور خارجه و سایر ارگان های دست اندر کار امور ایرانیان خارج از کشور و همچنین نخبگان داخلی و خارجی بر این واقعیت که رسیدگی به امور ایرانیان خارج از کشور امروزه یک ضرورت ملی محسوب می شود و باید توسط یک شورای عالی ساماندهی گردد، توافق نمودند و در جلسه مورخ 1379/06/02، هیات دولت طرح ابتدایی تاسیس آنچه که امروز به آن شورای عالی امور ایرانیان خارج از کشور اطلاق می گردد را پذیرفت و امور دبیرخانه آن را به وزارت امورخارجه واگذار نمود .
این مرکز با موافقت وزیر امورخارجه وقت طرح " ستاد امور ایرانیان خارج از کشور " را به ریاست جمهوری ارائه نمود و پس از طرح و بررسی در کمیسیون سیاسی دولت، در جلسه مورخ1382/08/18طی مصوبه شماره 22355/ ت 28798 مورخ 1382/09/04 بنا به پیشنهاد وزارت امور خارجه و به استناد اصل یکصد و سی و هشتم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به تصویب رسید و ریاست آن برعهده رئیس جمهور و دبیر آن وزیرامورخارجه تعیین گردید .
بر اساس این مصوبه ستادی به ریاست رییس جمهور و عضویت 9وزارتخانه (امور خارجه ، کشور، فرهنگ و ارشاد اسلامی، اطلاعات ، امور اقتصادی ، آموزش و پرورش، علوم ،تحقیقات و فناوری ، کار و امور اجتماعی، بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی ) و دوسازمان ( صدا وسیما و مرکز امور مشارکت زنان ریاست جمهوری ) تشکیل گردید .
در سال 1383 رسما نام ستاد به شورای عالی امور ایرانیان خارج از کشور تغییر یافته و آیین نامه اجرایی آن تصویب گردید .
متعاقبا طی مصوبه شماره 11208/ 34934 ه مورخ 1385/02/09 هیئت وزیران ، دبیرخانه شورای عالی از وزارت امور خارجه به نهاد ریاست جمهوری منتقل گردید .
در دولت یازدهم براساس مصوبه شماره 168017 مورخ 1394/11/22هیئت وزیران، دبیرخانه شورای عالی امور ایرانیان مجددا از نهاد ریاست جمهوری به وزارت امور خارجه منتقل گردید .
از تاریخ 1396/11/01 با اجرایی شدن طرح تغییر ساختار اداری وزارت امور خارجه، دبیرخانه شورای عالی امور ایرانیان با ساختار جدید سه اداره، با عناوین امور جذب نخبگان ، امور کارگروه های تخصصی و بانک اطلاعات ایرانیان خارج از کشور در معاونت مجلس و امور ایرانیان وزارت متبوع دور جدیدی از فعالیت های خود را آغاز نموده است.
در راستای دستور وزیر محترم امور خارجه وقت در اسفند ماه سال 1398 در خصوص تغییرات جدید ساختار سازمانی، عناوین ادارات اداره کل شورای عالی امور ایرانیان خارج از کشور به شرح ذیل تغییر کرد؛
اداره امور علمی، فن آوری و فرهنگی ایرانیان
اداره امور حقوقی، کنسولی و اقتصادی ایرانیان
اداره امور ارتباطات و اطلاعات ایرانیان
مهمترین وظایف دبیرخانه شورای عالی امور ایرانیان به شرح ذیل می باشد :
· تهیه ، ابلاغ و پیگیری دستورجلسات شورای عالی
· ابلاغ مصوبات و سیاست های شورای عالی به دستگاه های ذیربط و پیگیری اجرای آنها
· تهیه برنامه بودجه سالانه شورای عالی ، دبیرخانه و کارگروه های تخصصی
· تلفیق مطالعات بین بخشی انجام شده در کارگروه ها و ارائه گزارش به شورای عالی .
· ساماندهی بانک اطلاعاتی به نحوی که نیاز کارگروه ها و نهادهای عضو شورای عالی را تامین نماید
· ارائه و پیگیری انجام مراحل قانونی مصوباتی که نیازمند قانون گذاری است .
· پیگیری تشکیل جلسات کارگروه های تخصصی ، نظارت و هماهنگی بین آنان و دریافت گزارشات مربوطه .
· نظارت بر حسن اجرای صوبات شورای عالی توسط وزارتخانه ها ، سازمان ها و نهادهای مذکور و ارائه گزارش به شورای عالی و کارگروه ها
· ارائه طرح های مناسب برای حمایت از حقوق ایرانیان در کشورهای میزبان
· پیشنهاد سیاست ها و همچنین برنامه سالانه به شورای عالی
· ایجاد تقویت روابط مستقیم با ایرانیان خارج از کشور به منظور استفاده از توان فکری ایشان در جهت پیشبرد اهداف و وظایف شورای عالی
· نظارت و حمایت از فعالیت ها و تلاشهای دبیران کار گروه.
· انجام سایر امور ارجاعی از سوی ریاست و دبیر کل شورای عالی
طبق ماده 13آیین نامه نیز برای هزینه ها و فعالیت های دبیرخانه ، کارگروه ها و نیز پروژه های بین بخشی در چارچوب ردیف های بودجه ای ریاست جمهوری اعتبار لازم توسط دولت پیش بینی و تامین خواهد شد .